L'incidenza della cistite (anche se meglio sarebbe dell' infezioni delle vie urinarie), aumenta con l'inizio della attivita' sessuale; difatti queste infezioni sono dieci volte piu' frequenti nella donna sessualmente attiva che nell'uomo. Circa 30 donne su 100 una volta nella vita sperimenteranno una 'cistite'. Di queste 30 donne una percentuale oscillante tra il 2 ed il 10 % avranno infezioni ricorrenti a seguito di alcuni fattori di rischio (rapporti sessuali, errata igiene perineale, ...).
La maggior parte delle infezioni delle vie urinarie nelle donne e' dovuta a microrganismi appartenenti alle enterobatteriacee (E. coli, klebsiella..), famiglia di germi che sono normalmente contenuti nell'intestino. Questi germi ospiti nell'intestino non fanno danni, ma se colonizzano distretti vicini (vestibolo vaginale, l'uretra, che e' il canale da cui fuoriesce l'urina ), possono dare infezioni sintomatiche. La colonizzazione avviene ad ogni defecazione con la fuoriuscita di milioni di germi.

Perche esistono dei fattori che predispongono alla diffusione di quei germi che fuoriescono ad ogni defecazione:
- una uretra corta (una modificazione anatomica della lunghezza consente ai germi di percorrere un minore tragitto...), la brevita', rispetto all'uomo, dell'uretra femminile, cioe' del canale che fa uscire l'urina dalla vescica all'esterno.
Il suo sbocco all'esterno, come anatomicamente vedra' anche lei, e' molto vicino a quello anale, per cui una colonizzazione di batteri in vescica tramite l'uretra e' molto piu' facile nella donna che nell'uomo.
- un probabile reflusso dall'uretra in vescica di urina al momento della chiusura dello sfintere, che spreme verso l'alto il contenuto uretrale;
- errori alimentari che conducono alla stitichezza:
- cattive abitudini minzionali... mai dilazionare nel tempo una minzione !!!!!
- Il ph vaginale. Se questo aumenta distrugge la flora di lattobacilli che rappresenta una efficace protezione alla colonizzazione della vagina, primo passo alla infezione. Da qui lo scorretto uso delle lavande vaginali che possono indebolire uno dei naturali meccanismi di difesa dalle infezioni;
- Un ristagno di urina poiche' ci sono disturbi dello svuotamento;
- Un reflusso di urina dalla vescica all'uretere;
-L'attivita' sessuale. La disposizione anatomica spiega la frequente associazione tra rapporto sessuale ed infezione urinaria. Il meato uretrale, da dove esce l'urina, e' prossimo alla vulva. Durante il coito, l'uretra per le ovvie modificazioni che si hanno, diventa piu' beante e facilita l'ingresso di quei germi, che hanno colonizzato la vulva e provenienti dalla precedente defecazione.
L'espressione 'cistite da luna di miele' segnalava diversi anni fa la relazione causale tra primi rapporti sessuali (che si avevano subito dopo aver contratto e consumato matrimonio) e comparsa di sintomi cistitici.
Dopo la contaminazione delle zone genitali, la cistite si realizza per sbilanciamento dei fattori di difesa dell'organismo con i fattori di aggressivita' del germe .
Le sue difese sono:
-  la qualita' dell'urina;
- l'integrita' dell'epitelio che riveste la vescica e l'uretra, tale integrita' viene alterata da manovre endoscopiche come la cistoscopia o qualsiasi manovra strumentale;
-  la flora saprofitica locale della mucosa vaginale composta da lattobacilli;
- la minzione nel senso del costante flusso di urine e dello svuotamento periodico e completo della vescica. E' questo il piu' efficace meccanismo di difesa contro l'infezione vescicale dato che si allontanano piu' volte al giorno milioni di germi contaminanti dall'uretra.